En 1990 es creado el Instituto Agua Caliente, institución de nivel medio superior, con una matrícula inicial de 160 alumnos del bachillerato general. Dos años después, inician las operaciones del Centro Universitario de Tijuana con la Licenciatura en Derecho. Fue la primera institución del noroeste de la República en implementar los planes cuatrimestrales y el currículum flexible en el nivel de licenciatura y posgrado.
En 1994, el Gobernador Constitucional del Estado de Baja California expide el Acuerdo de autorización para efectos de Reconocimiento de Validez Oficial, publicado en el Periódico Oficial del Estado de Baja California el 10 de junio de ese mismo año. Por tal motivo, se considera como fecha oficial de la fundación de esta Universidad el 24 de mayo de 1994.
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